Некоторые считают, что он был перевезен в Ватикан, вместе с храмовыми сосудами. Существует много аутентичных, древних летописей и популярных легенд, свидетельствующих о священных сосудах, вывезенных в Рим. Однако, это не относится к самому священному предмету Первого Храма. Существует еврейская традиция, которая утверждает, что Ковчег был спрятан под Деревянной Палатой, комнатой Первосвященника.
Библия говорит, Ковчег был все еще в Иерусалиме во времена царя Иосии (2Пар.35:3). Это было примерно за 40 лет до войны с Вавилоном. Однако, что случилось с ним, когда Храм Соломона был разрушен в 586 г. до н.э., Библия просто не упоминает. Было ли это упущением авторов библейских текстов или они хранили тайну нахождения Ковчега? Хотя он мог быть унесен в Вавилон, в качестве военного трофея, о нем не упоминается среди конфискованных храмовых предметов в 2Цар.25.
В апокрифической книге, написанной за столетие до рождения Христа упоминается интересная идея о судьбе Ковчега. Во 2Маккавеев 2:4-7 читаем:
4 Было также в писании, что сей пророк (Иеремия), по бывшему ему Божественному откровению, повелел скинии и ковчегу следовать за ним, когда он восходил на гору, с которой Моисей, взойдя, видел наследие Божие. 5 Придя туда, Иеремия нашел жилище в пещере и внес туда скинию и ковчег и жертвенник кадильный, и заградил вход. 6 Когда потом пришли некоторые из сопутствовавших, чтобы заметить вход, то не могли найти его. 7 Когда же Иеремия узнал о сем, то, упрекая их, сказал, что это место останется неизвестным, доколе Бог, умилосердившись, не соберет сонма народа. 8 И тогда Господь покажет его, и явится слава Господня и облако, как явилось при Моисее, как и Соломон просил, чтобы особенно святилось место.Однако, нужно учитывать, что 1 Книгу Маккавеев ученые считают достоверным историческим источником, тогда как 2 Маккавеев содержит множество легенд и удивительных историй. В то же время Книги Царств, написанные самим пророком Иеремией, ни его автобиографическая книга, ни Книги Хроник не упоминают об этом эпизоде.
Если же рассматривать информацию из других неканонических источников, то в 4 Ездры 10:22, написанной в 1в.н.э., еврейский автор оплакивает идею, что среди прочих трагедий, свалившихся на его народ, "Ковчег Завета нашего был захвачен".
По восстановлении Храма после вавилонского плена Ковчег так и не появился, и никогда не был внесен во Второй Храм до самого дня его разрушения в 1в.н.э. Мог ли Ковчег просто исчезнуть, потеряться или его тщательно оберегали в те неспокойные времена?
Заметим, что выражение "потерянный Ковчег" совершенно не отражает еврейский взгляд на проблему, потому что евреи всегда знали, где именно находится Ковчег. По их словам, со времен Первого Храма Ковчег спрятан, и спрятан очень хорошо, но все же не потерян.
Еврейская традиция говорит, что царь Соломон, строя Храм, уже знал через небесное откровение, что он будет разрушен. Поэтому он, мудрейший человек на земле, создал обширную систему лабиринтов, ходов, камер и коридоров под Храмовой Горой. Он распорядился о строительстве специального места глубоко под землей, где могли быть спрятаны священные храмовые сосуды в случае опасности. Существует мидраш о том, что израильский царь Иосия, живший за сорок лет до разрушения Первого Храма, приказал левитам спрятать Ковчег, оригинальную менору и еще несколько предметов в том потайном месте, приготовленном царем Соломоном.
По словам одного из Иерусалимских равинов, существуют записи в еврейских источниках о том, где это место, и есть те, кто точно знают, где находится камеры.
Нам трудно себе представить, что где-то на земле сегодня есть человек, хранящий тайну местонахождения Ковчега. Тайну, которую его семья передает из поколения в поколение почти три тысячи лет. Это кажется почти невозможным. Но если мы вспомним, что всего 60 лет назад после тысячелетий запустения была восстановлена сама страна Израиля; что народ Израиля возродил язык, считавшийся мертвым две тысячи лет; то поймем, что евреев хранить тайну, язык или традицию тысячи лет не такая уж сложная задача.